El valor agregado del Proyecto Mesoamérica radica principalmente en elementos:

• Diálogo político: Constituye un foro de alto nivel donde se reúnen los mandatarios para revisar las prioridades regionales.
• Integración regional: Sus actividades buscan generar mayor interacción, interdependencia y conectividad entre los países participantes, articulan los esfuerzos nacionales en una visión regional estratégica y construyen las bases fundamentales para la convergencia de las economías y los servicios para el desarrollo humano.
• Especialización: Promueve proyectos específicos y apoya/complementa experiencias de alcance regional que ejecutan otros espacios e iniciativas.
• Gestión de recursos: Facilita la atracción de recursos de agencias de cooperación internacional y de la banca multilateral, hacia proyectos prioritarios para Mesoamérica.
• Bienes públicos regionales: Propicia la creación de bienes que generan beneficios para más de un país, como consecuencia de la acción coordinada de los países involucrados.

En el Proyecto Mesoamérica, el financiamiento de la acción regional parte de los recursos que los países miembros dedican para ejecutar las iniciativas y del importante apoyo del Grupo Técnico Interinstitucional (GTI), que aporta recursos financieros y técnicos para el desarrollo de los trabajos y proyectos de este mecanismo de integración regional.