La Secretaría Técnica de la EMSA es un órgano de apoyo al Consejo, de quien depende jerárquicamente, y trabajará en coordinación con el Comité  de Enlaces Ministeriales. Estará conformada por la Secretaría Ejecutiva de la Comisión Centroamericana de Ambiente y Desarrollo (SE-CCAD) y la Dirección Ejecutiva del Proyecto Integración y Desarrollo de Mesoamérica (DEPM) a través de sus titulares, quienes desarrollarán sus funciones en coordinación con la Presidencia de sus respectivos órganos políticos de gobernanza.

Para tal efecto, la SE-CCAD y la DEPM adoptan un mecanismo operativo para desarrollar las funciones de Secretaría Técnica que está plasmado en el Memorando de Entendimiento firmado el 13 de mayo de 2014. 

Ver Memorando de Entendimiento para la Implementación del Mecanismo Operativo entre la DEPM y la SE-CCAD